この記事は、Painter11 より新しいバージョンで有効です
Painter11を使ってて、Ver.9.5に無かった便利機能にグループコンテンツの選択があります。(Ver.Xで搭載されてたものなのかもしれない)
どういう機能かというと、レイヤーグループから不透明な部分を自動選択してくれる機能です。
レイヤー単体だけが対象の同様な機能なら、ver.8以降搭載されていました。
例えば、下記のような4枚のレイヤーのPainterのファイルの場合、

〈図1 スカートのレイヤー構造〉
これら4枚とも選択状態にし、メニュー→レイヤー→レイヤーのグループ化を実行し
て、レイヤーグループを作ります。
このレイヤーグループを選択状態にしてメニュー→選択→グループコンテンツの選択を実行すると、グループ内の各レイヤーの着色した領域の論理和、つまり合体した選択範囲が選択されます(図2)。

〈図2 グループコンテンツの選択状態〉
もっと簡単に実行するには、レイヤーグループを選択後、Ctrl+クリックで図2の選択状態になります。
Ctrlボタンを押すと、カーソルの形状が変わるのでよく分かるはずです(図3)。

〈図3 カーソルの変化〉
Ctrl+クリックは、レイヤー単体でも同様の処理を行いました。
なのでメニューから実行するより、こちらの方がかなり楽だと思います。
Ver.9.5の場合、この機能がないので、各レイヤーのコンテキストメニューの「レイヤーの透明度を選択」を実行し(図4)、着色した領域の選択範囲を作ってください。

〈図4 レイヤーのコンテキストメニュー〉
具体的な使い方というと、各パーツ毎に地塗りしたレイヤーをグループ化しておいて、必要に応じて選択範囲(の反転)をとって、余分な所を削除する……などが考えられます。
この方法だと、クリッピングマスクに近い処理ができるのではないでしょうか(手動クリッピングマスク的な)。
要するに、これがあれば、チャンネルを作って保存する必要がかなり減って、便利ってことです。
この作例は、ピアプロ・キャラクター・ライセンス(PCL)に基づいて、クリプトン・フューチャー・メディア株式会社のキャラクター「初音ミク」を描いたものです