上記のようなインストール順では、通常RIFファイルの関連付けは、後にインストールしたVer.11になるはずです。
しかしそうなっておらず、これをVer.11に関連付けるように修正する方法を以下に示します。
ちなみにこの現象は、HDDを換装しWindowsXP SP3をクリーンインストールした際にも発生したので(2度目)、おそらくPainter側の問題だと思われます。
拡張子の関連付けを変える
まず事前に、エクスプローラーでファイル拡張子を表示するように、Windowsの設定を変更します。既に表示されている方は、次の手順「RIFファイルのプロパティを変更する」に進んでください。
→Windows XP でファイルの拡張子を表示する方法(マイクロソフト サポートオンライン)
RIFファイルのプロパティを変更する
(1)任意のRIFファイルを選択、右クリックし出てきたコンテキストメニューのプロパティをクリック。(2)プロパティ画面(図1)で変更ボタンを押下(図1の赤い丸で囲んだ部分)。

〈図1 RIFファイルのプロパティ画面〉
(3)「ファイルを開くプログラムの選択」画面(図2)で、「Painter11」を指定する。
『推奨されたプログラム』に「Painter11」がない場合は、画面をスクロールし『ほかのプログラム』の一覧から探す。それにも無い場合は、参照ボタン(図2の赤い丸で囲んだ部分)を押し、Painter11のインストールフォルダ内にあるPainter 11.exeファイルを指定する。
通常、Cドライブにインストールしてる場合は、
C:\Program Files\Corel\Corel Painter 11\
のフォルダ配下にPainter 11.exeが存在してます。
〈図2 ファイルを開くプログラムの選択画面〉
(3)「ファイルを開くプログラムの選択」画面のOKボタンを押下。
エクスプローラーからRIFファイルをダブルクリックし11が起動するか一旦確認します。
通常ではこの修正で、関連づけが修正されます。しかし自分の環境では相変わらず9.5で起動されていました。
ただ関連づけの表示内容自体は、きちんと11になってました。なので更に別の方法で修正しました。
フォルダオプションのファイルの種類を変更する
(1)エクスプローラーのメニュー→ツール→フォルダオプションを実行。フォルダオプション画面が表示されます。
(2)「ファイルの種類」タブを選択し(図3の赤い丸で囲んだ部分)、「登録されているファイルの種類」リストから拡張子「RIF」を選択し、「詳細設定」ボタンを押下(図3の青い丸で囲んだ部分)。

〈図3 フォルダオプション画面〉
(3)「ファイルの種類の編集」画面(図4)にある「アクション」リストから二重登録してる「Open With Corel Painter IX」(Ver.9のアクション)を消し、一つにする(図4の青い丸で囲んだ部分)。
ちなみにこれは9のバグで、コンテキストメニューに二重表示されていたものです。特に悪さするものでもなかったので今まで無視してました。

〈図4 ファイルの種類の編集画面〉
(4)一つ残った「Open With Corel Painter IX」を選択し「編集」ボタン押下(図4の赤い丸で囲んだ部分)。
(5)「アクションの編集」画面(図5)で「アクションを実行するアプリケーション」にインストールフォルダ配下にあるPainter 11.exeをフルパス指定する(図5の赤い四角で囲んだ部分)。
この際、末尾にある引数の%1を消してしまわないように注意すること。
また、"(インストールフォルダパス)Painter 11.exe"と%1の間には、必ず半角スペースを入力しておく事を注意してください。
通常、Cドライブにインストールしてる場合は、
"C:\Program Files\Corel\Corel Painter 11\Painter 11.exe" %1
となります。
〈図5 アクションの編集画面〉
(6)「Open With Corel Painter IX」の文言を「Open With Corel Painter11」(または「Painter11で開く」等わかりやすいもの)に変更する(図5の青い四角で囲んだ部分)。
(7)OKボタン押下。
ここで、もう一度エクスプローラーからRIFファイルをダブルクリックし11が起動するか確認します。
自分の環境では、この時点で11で起動できるようになってました。
ここまでの変更で、通常は特に問題ないはずです。
Painter11の二重登録を消す
自分の環境での「ファイルを開くプログラムの選択」に、Painter11が2つ登録されている状況が目障りだったので、片方を消します。以降の手順は、PCに慣れている人が自己責任でおこなってください。なので今までの様に、詳しく説明しません。
レジストリのゴミを消す
「ファイルを開くプログラムの選択」からプログラムを削除する方法を参考にして、レジストリから二重登録されているPainter11を片方削除します。「OpenWithList」のデータ値に「PAINTE~1」となっている方がゴミなので、この項目を削除。
削除後、RIFファイルの右クリック、コンテキストメニューの「プログラムから開く」の項目にPainter11が二重になっていないことを確認。
(上記『拡張子の関連付けを変える』の(1)でも確認可)
自分の環境下では、これらの操作で現状特に異常がないので、参考メモとして記録しておきます。